Pertanian boleh mengakibatkan masalah alam sekitar kerana ia mengubah persekitaran asal dan mengeluarkan produk sampingan yang boleh membahayakan. Contohnya termasuk:

• Perubahan pelbagai ekosistem menjadi satu ekosistem tanah pertanian;
• Kehilangan biokepelbagaian: Penggunaan sebilangan spesies dalam tanaman mengakibatkan pengurangan biojisim yang besar serta juga kehilangan haiwan feral, burung, dan sebagainya;
• Hakisan tanah;
• Pengurangan mineral di dalam tanah;
• Keasidan tanah;
• Aras nitrogen dan fosforus yang tinggi di dalam sungai dan tasik;
• Bahaya racun serangga, rumpai, dan kulat;
• Pengeluaran habuk dan gas seperti ammonia, metana, dan karbon dioksida daripada pembakaran dan pembuangan; dan
• Pengeluaran udara yang busuk dari bahan buangan pertanian.

Pertanian telah dikatakan merupakan penjana kesan negatif yang terbesar terhadap biokepelbagaian di kebanyakkan negara (lihat Rancangan Tindakan Biopelbagaian) yang terjadi kerana penerokaan hutan dan habitat yang lain apabila tanah baharu dimajukan untuk pertanian. Sesetengah pengkritik memasukkan pertanian sebagai punca perubahan iklim global terkini.

Mengikut Pertubuhan Bangsa Bersatu, sektor penternakan (terutamanya lembu, ayam, dan babi) muncul sebagai sebab utama kepada kesan dan masalah alam sekitar, dari skala tempatan hingga ke skala global. Sektor ini menghasilkan 18% daripada "pembebasan gas rumah hijau di seluruh dunia" daripada segi kandungan karbon dioksida. Sektor penternakan juga menyumbangkan 64% daripada penjanaan ammonia yang mengakibatkan hujan asid dan keasidan ekosistem.